Ao não se utilizarem produtos químicos que possam corromper a pureza dos solos, bem como contaminar as águas, evita-se assim uma pegada ecológica que poderia ser enorme!
Por exemplo, ao utilizar pesticidas, não contaminamos apenas os solos onde as plantas estão a germinar, mas sim também as águas circundantes. Pois ao chover, a água escorre pelos campos poluídos, ficando a mesma poluída, depois escorre pelos lençóis de água, água esta que pode ser conduzida até aos reservatórios de água dos quais retiramos a nossa que consumimos. E não só, esta água pode chegar ao lagos, rios e mares prejudicando todos os seres vivos que com ela tiverem contacto.
Uma outra vantagem, é quão saudáveis e ricos em nutrientes podem ser os produtos obtidos através deste tipo de prática sustentável. Devido à prática intensiva e ao uso de transgénicos, casa vez mais os produtos hortícolas são pobres em nutrientes e vitaminas fundamentais para uma alimentação saudável.
Com a Agricultura Biológica, conseguimos trazer de novo esses nutrientes para a nossa alimentação.
Esta tipo de cultura permite também um controlo biológico de pragas. Ou seja, os seres vivos que comprometem as culturas, como por exemplo lagartas, pulgões, gafanhotos, entre outros, não são exterminados, mas sim controlados através da introdução de outros seres vivos.
Um exemplo é a introdução de joaninhas para estas ajudarem no controlo dos pulgões. Assim, não só se mantém o ciclo da natureza, como não se acaba com uma dada espécie por completo num dado habitat, o que poderia ser catastrófico para a cadeia alimentar do mesmo.
Por fim, através da rotação de culturas e do pousio dos solos, este tipo de agricultura não torna os solos estéreis e pobres em nutrientes. Assim sendo, estes solos podem ser utilizados ao longo de muitos anos, o que não ocorre numa agricultura intensiva. A agricultura biológica ajuda ainda a evitar a erosão dos solos, pois através da permacultura permite que plantas benéficas para a saúde do solo sejam introduzidas.